Jan Ewangelista Purkynie urodził się 17 grudnia 1787 r. w czeskich Libochowicach, gdzie uczęszczał do szkoły ludowej z czeskim językiem wykładowym. Pięcioletnie gimnazjum ukończył jako chórzysta kościelny w klasztorze oo. Pijarów w Mikułowie na Morawach. Postanowił wówczas wstąpić do zakonu, jednakże po równoległym ukończeniu pierwszego roku filozofii w Litomyślu opuścił klasztor. Studia filozoficzne skończył, ponieważ było to wówczas warunkiem koniecznym podjęcia studiów lekarskich.